Das ist nicht ganz richtig. Es gibt eine Lösung:

Wenn du unter

C:\Users\USERNAME\Documents\Elder Scrolls Online schaust wirst du in diesem Ordner 2-4 Ordner Vorfinden:
Nämlich

live (*Aktueller Live Ordner*)
live_archive (*Optional, wurde wahrscheinlich bei der Umstellung angelegt*)
liveeu (*Alter Live Ordner, als man noch im Launcher den server ausgewählt hat*)
pts (*Optional für PTS Benutzer*)

Der Launcher überprüft dabei auf die Vorhandenen Unterordnernamen. Seit der Umstellung, das der Server im Spiel und nicht im Launcher ausgewählt wird ist der Ordner liveeu überflüssig geworden.
Das kann man auch merken wenn man sich den Ordner anschaut (da sollten Leere unterordner Addons drin sein und sonst nichts weiter!)
Wenn man jetzt den Unterordner LiveEU Löscht (oder wenn man sich unsicher ist einfach mal ausschneidet und aus dem Verzeichnis Rausverschiebt) dann wird der Launcher die Meldung

" Das startprogramm hat festgestellt das ihr chars auf EU und NA Server habt, was für einstellungen sollen verwendet werden."

nicht mehr anzeigen. Die einstellungen, das sich Automatisch auf dem EU Server eingeloggt wird, sollten dabei erhalten bleiben