Hallo @Snap,
solange ein Ort auf der Karte schwarz ist, ist dort tatsächlich noch etwas zu erledigen. Bei "Wirbeln" (Dolmen) muss du nur an dem Kampf um den Dolmen teilgenommen haben, bei Fackeln (einzelne ohne +) musst du einen "elite"Gegner töten, also den Dungeon-Boss.
Bei anderen doppelFackel bzw doppelFackel mit +, handelt es sich um Gruppenverliese und dort sind meist bestimmte Bosse zu töten und Quests zu erledigen bevor sie sich weiß füllen.

Generell kann es vorkommen, dass 2,3 oder sogar 4 Quests mit einem Ort verbunden sind und der Ort markiert sich erst als erledigt, wenn alle erfüllt wurden.

Seelensteine kann man in jeder größeren Stadt bei Mystikern kaufen, dies wird allerdings sehr teuer.
Daneben lassen erwähnte Bosse in "Fackel"-Dungeons gerne gefüllte Seelensteine fallen. - Diese sind ebenfalls in verschlossenen Truhen auf der Weltkarte zu finden.
Du kannst auch leere Seelensteine finden, diese müssen mittels Seelendiebstahl (Skill aus dem öffentliche Welt Baum) aus Gegnern mit passender Stufe entzogen werden. Es gibt im selben Skillbaum noch einen passiven Skill, der es dir generell ermöglicht zu 10% einen Seelenstein zu füllen.
Es gibt noch ein Rüstungsset mit dem selben effekt wie der passive Skill.

Hoffe ich konnte dir helfen~